畜禽糞便中含有多種成分，若未經處理而隨意堆放或直接施于農田，將可能對環境造成污染，土法發酵由于不能殺滅有害菌也不可取。糞便污染主要表現在以下幾個方面：
1．空氣污染
畜禽飼料中的50%～70%的氨類物質以動物糞便形式排出3在厭氧堆積發酵時，會分解釋放出氨氣、硫化氫、甲基硫醇和三甲基胺等有毒有害氣體，這些氣體帶有酸味、臭雞蛋味、魚腥味等惡臭刺激性氣味，糞便不及時清除或清除后不能及時進行處理，臭味就會成倍增加，污染養殖場周邊大氣環境。揮發到大氣中的硫化氫還會引起酸雨，影響農作物生長和空氣質量。人類如果長期在高氨氣環境中生產生活，易引發眼結膜炎、流淚、鼻炎和氣管炎等炎癥，危害人體健康。畜禽長期處在不適宜氨氣環境下體質和免疫力變弱，易引發疾病，日增重和生產力下降。
2．水體污染
畜禽糞便中含有大量氮、磷化合物和藥物殘留物質，這些物質是空氣、水源和土壤典型污染物。未經處理的糞便，一部分氮以氨氣的形式揮發到空氣中，另一部分被氧化成硝酸鹽，或滯留于土壤表層造成土壤污染，或滲入地下水，或隨地表水流人江河，造成水體污染。被硝酸鹽污染的地下水將嚴重威脅人體健康，而這種地下水污染通常需要300年才能自然恢復。當土壤中的磷積累過多時，受雨水沖刷而溢出，隨地表徑流排人江河湖泊，導致水體富營養化，引發魚類等水生動物窒息死亡，嚴重破壞水體生態系統。
3．土壤污染
畜禽糞便對土壤有利的作用在于能夠作為肥料施用于農田，可以提高土壤抗風化和水侵蝕的能力，改變土壤的通氣和耕作條件，增加土壤有機質和有益微生物的生長，然而，過度使用未經無害化處理的糞便也會危害農作物、土壤、地表水和地下水水質，造成土壤微孔減少，使土壤通透性降低，破壞土壤結構。施用新鮮糞便會出見燒苗現象，大量使用糞便會引起土壤中溶解鹽的積累，使土壤鹽分增高，作物生長也會受到影4向：用高濃度的糞水灌溉農田，會使作物徒長、倒伏、晚熟、減產，甚至毒害作物出現大面積腐爛。
4．生物性污染
患病或隱性帶病的畜禽會排出多種致病菌和寄生蟲卵，如大腸桿菌、沙門氏菌、雞金黃色葡萄球菌、傳染性支氣管炎病毒、禽流感和馬立克氏病毒、蛔蟲卵、毛首線蟲卵等：據化驗分析，畜禽養殖場排放的每毫升污水中平均含33萬個大腸桿菌和66萬個腸球菌；沉淀池內每升污水中蛔蟲卵和毛首線蟲卵分別高達193.3×106個。如不適當處理，不僅會造成大量蚊蟲孳生，而且還會成為傳染源，造成疫病傳播，影響人類和畜禽健康。經過無害化處理后，糞便中的多種成分能轉變成植物生長需要的養分，成為有用的資源。糞便中氮、磷等含量與飼料養分代謝有關，廢水量受生產管理環節因素的影響，因此，
畜禽糞便處理利用應綜合考慮糞便的來源、影響因素、利用價值以及處理成本等，要基于源頭減排、預防為主、種養結合、利用優先、因地制宜、合理選擇、全面考慮、統籌兼顧的思路選擇適當的處理利用方法。
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